宁夏回族自治区烟草专卖局、宁夏回族自治区烟草公司经宁夏回族自治区人民政府批准于1983年10月成立，1984年4月挂牌。1986年1月，宁夏回族自治区烟草公司上划中国烟草总公司，更名为中国烟草总公司宁夏回族自治区公司，与宁夏回族自治区烟草专卖局一套机构、两块牌子。

目前，宁夏回族自治区烟草专卖局（公司）下辖银川、石嘴山、吴忠、固原、中卫等5个地市级烟草专卖局（公司），永宁、贺兰、灵武、兴庆区、金凤区、西夏区、平罗、惠农区、大武口区、青铜峡、盐池、同心、利通区、红寺堡区、中宁、海原、沙坡头区、西吉、彭阳、泾源、隆德、原州区等22个县级烟草专卖局（分公司）。

自治区局（公司）机关下设办公室（外事办公室）、综合计划处（经济运行处）、专卖监督管理处（专卖稽查总队）、内部专卖管理监督处、政策法规与体制改革处、财务管理处、审计处、人事处、党建工作处、纪检监察处（与党组纪检组合署办公）、安全管理处、卷烟销售管理处等12个职能处室；机关服务中心、信息中心、烟草学会秘书处、规范管理办公室、群团工作处（工会办公室）等5个专业部门；中国烟草总公司宁夏回族自治区公司物流中心1个非法人分支机构。