黑龙江省烟草公司成立于1982年7月，黑龙江省烟草专卖局成立于1983年4月，1984年4月，黑龙江省烟草公司上划中国烟草总公司，更名为中国烟草总公司黑龙江省公司，归属国家烟草专卖局、中国烟草总公司统一管理，实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”的体制，主要负责全省烟草卷烟经营、烟叶生产经营和市场管理等工作，承担国有资产保值增值责任。2006年，完成母子公司体制改革。

目前，黑龙江省烟草专卖局、中国烟草总公司黑龙江省公司下辖哈尔滨、齐齐哈尔、大庆、牡丹江、佳木斯、绥化、鸡西、双鸭山、伊春、七台河、鹤岗、黑河、大兴安岭、绥芬河等14个地市级烟草专卖局（公司），黑龙江省烟草公司哈尔滨烟叶公司、黑龙江省烟草公司牡丹江烟叶公司、中国烟草黑龙江进出口有限责任公司、黑龙江烟叶复烤有限公司、黑龙江烟草投资管理有限公司、牡丹江烟草科学研究所。其中，全省14个地市级烟草专卖局（公司）下辖县级烟草专卖局（分公司）65个。黑龙江省局（公司）机关下设15个职能处室、8个专业部门和黑龙江省烟草专卖局铁路分局。